"วัดคณิกาผล" ได้ชื่อวัดซึ่งแปลว่า "ผลของนางโสเภณี" ก็เพราะเหล่านางโสเภณียุคโบราณ

ประวัติการขายบริการทางเพศของไทย มีหลักฐานที่บ่งชี้ถึงร่องรอยของกิจกรรมเหล่านี้ดังเช่นคำศัพท์ “หญิงนครโสเภณี” หรือหญิงงามเมือง ไปจนถึงหลักฐานทางการซึ่งปรากฏในกฎหมายบ้านเมืองอย่างพระราชบัญญัติป้องกันสัญจรโรค รัตนโกสินทรศก 127 (พ.ศ. 2451) ในสมัยรัชกาลที่ 5

ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว หญิงนางหนึ่งชื่อ แฟง มักเรียกกันว่า ยายแฟง เป็นเจ้าสำนักโสเภณีชื่อ "โรงยายแฟง" อยู่ที่ตรอกเต๊า ถนนเยาวราช มีศรัทธาในพุทธศาสนา จึงชวนหญิงโสเภณีในสำนักของนางเอารายได้จากการค้าประเวณีมาลงขันกันสร้างวัดขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2376

วัดคณิกาผล เป็นวัดไทยในพุทธศาสนามหานิกาย ประเภทวัดราษฎร์ ตั้งอยู่ที่ถนนพลับพลาไชย แขวงป้อมปราบ เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย กรุงเทพมหานคร ตรงกันข้ามกับสถานีตำรวจนครบาลพลับพลาไชย 2

ในงานสมโภชวัด ยายแฟงนิมนต์ขรัวโต ซึ่งต่อมาได้สมณศักดิ์เป็นสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พฺรหฺมรํสี) มาเทศน์ฉลอง หวังจะให้เทศน์สรรเสริญคุณงามความดีของนางในครั้งนี้ต่อที่ชุมชน แต่ขรัวโตเทศน์สั่งสอนว่า ทำบุญเอาหน้า แม้จะเป็นบุญใหญ่ ก็ได้บุญน้อย นอกจากนี้ ขรัวโตยังว่า เงินของยายแฟงได้มาโดยไม่บริสุทธิ์ ยายแฟงจึงได้บุญไม่เต็มเม็ดเต็มหน่วย โดยเปรียบเปรยว่า "ในการที่เจ้าภาพได้จัดการทำบุญเช่นนี้นั้น เป็นการทำบุญที่มีเบื้องหลังอยู่หลายประการ เป็นเหตุให้เหมือนกับว่า ในเงินทำบุญหนึ่งบาทนั้น ยายแฟงจะได้อานิสงส์เพียงแค่สลึงเฟื้องเท่านั้น"

วัดนี้ เดิมไม่ได้ตั้งชื่ออย่างเป็นทางการ ชาวบ้านจึงเรียกกันว่า "วัดใหม่ยายแฟง" และนับตั้งแต่สร้าง ก็ได้เปิดทำสังฆกรรมต่อมาเป็นเวลานาน จนกระทั่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จสู่ราชสมบัติแล้ว ลูกหลานของยายแฟงจึงบูรณะ และขอพระราชทานนามวัดจากพระมหากษัตริย์ ก็โปรดให้ว่า "วัดคณิกาผล" แปลว่า วัดที่สร้างขึ้นจากผลประโยชน์ของนางคณิกา คือ นางโสเภณี

รูปปั้นยายแฟงครึ่งตัวปิดทองตั้งไว้ในซุ้มกำแพงหลังพระอุโบสถ ที่ฐานรูปมีจารึกว่า “วัดคณิกาผลนี้สร้างเมื่อพุทธศักราช 2376 โดยคุณยายแฟง บรรพบุรุษของตระกูลเปาโรหิตย์”

ปัจจุบัน วัดนี้ยังมีของหลายสิ่งตั้งแต่แรกสร้างวัด เช่น พระประธาน, พระอุโบสถ, พระวิหาร, พระปรางค์เล็กหนึ่งองค์, ระเบียง, หอระฆังก่ออิฐถือปูนแบบเก่า หลังคาประดับลายปูนปั้นเขียนสี ตั้งอยู่หลังพระอุโบสถ, และตู้ลายรดน้ำของเก่าหลายใบ ซึ่งมีพื้นลายกนกเปลว เขียนเรื่องรามเกียรติ์ แต่ส่วนใหญ่นอกจากนี้เป็นล้วนของใหม่ อนึ่ง ในวัดยังมีรูปปั้นสมเด็จพระพุฒาจารย์ประดิษฐานไว้หน้าวัด และรูปปั้นยายแฟงครึ่งตัว ปิดทอง ตั้งไว้ในซุ้มบริเวณกำแพงหลังพระอุโบสถ ที่ฐานรูปมีจารึกว่า "วัดคณิกาผลนี้สร้างเมื่อพุทธศักราช 2376 โดยคุณยายแฟง บรรพบุรุษของตระกูลเปาโรหิตย์"

วัดนี้ยังเปิดโรงเรียนวัดชื่อ "โรงเรียนวัดคณิกาผล" ด้วย เป็นโรงเรียนประถมศึกษา สังกัดองค์การปกครองส่วนท้องถิ่น คือ กรุงเทพมหานคร